În conformitate cu prevederile art. 39 din Regulament, Autoritatea Naţionala a Vamilor din cadrul Agenţiei Naţionale de Administrare Fiscală din Ministerul Finanţelor Publice are responsabilitatea controlului vamal al transporturilor peste frontiera ale deşeurilor.
ART. 5 (1) Pe lângă autorităţile prevăzute la art. 3 şi 4, responsabilitatea privind controlul şi supravegherea transporturilor peste frontiera ale deşeurilor revine şi următoarelor autorităţi: a) Gărzii Naţionale de Mediu din subordinea Ministerului Mediului şi Gospodăririi Apelor, pentru toate categoriile de deşeuri prevăzute în anexa II - lista verde, anexa III - lista galbena şi anexa IV - lista roşie la Regulament şi în anexa VIII - lista A şi anexa IX - lista B la Convenţia de la Basel; b) Ministerului Economiei şi Comerţului, prin Comisia Naţionala de Reciclare a Materialelor, pentru următoarele deşeuri prevăzute în Regulament: b1) deşeurile din anexa II - lista verde la Regulament - codurile GA, GB, GC, GD, GE, GF, GG, GH, GI, GK şi GL; b2) deşeurile din anexa III - lista galbena la Regulament, mai puţin codurile AC 260 şi AC 270; b3) deşeurile din anexa IV - lista roşie la Regulament; c) Ministerului Sănătăţii Publice, prin autorităţile de sănătate publică judeţene şi a municipiului Bucureşti, pentru următoarele deşeuri prevăzute în Regulament: c1) deşeurile din anexa II - lista verde la Regulament - codurile GJ, GN şi GO; c2) deşeurile din anexa III - lista galbena la Regulament; c3) deşeurile din anexa IV - lista roşie la Regulament; d) Ministerului Agriculturii, Pădurilor şi Dezvoltării Rurale şi Autorităţii Naţionale Sanitare Veterinare şi pentru Siguranţa Alimentelor, pentru următoarele deşeuri prevăzute în Regulament: d1) deşeurile din anexa II - lista verde la Regulament - codurile GL şi GM;